Nadat voormalig Starfleet-agent John Harrison een geheime locatie van de inlichtingendienst Sectie 31 gebombardeerd heeft, WOnene captain Pike en James T. Kirk een spoedvergadering bij op het hoofdkwartier van Starfleet. De vergadering wordt aangevallen door een klein oorlogschip dat bestuurd wordt door Harrison. Pike en enkele andere belangrijke officieren worden bij de aanval gedood. Kirk neutraliseert de aanval, maar Harrison weet te ontsnappen. Na de dood van Pike wordt Kirk opnieuw kapitein van de Enterpris en start de Jacht op Harrison. Harrison blijkt echter niet degene te zijn die men denkt. Als een slagschip van de federatie tussenbeide komt veranderen plots de allianties en moet de USS Enterprise en haar bemanning het opnemen tegen het sterkste schip van de federation.
